Agensi Penguatkuasaan Maritim Malaysia ditubuhkan hasil kajian beberapa tahun mengenai keperluan mewujudkan pasukan pengawal pantai nasional. Penubuhannya diluluskan kabinet pada 21 Ogos 2002. Seterusnya pada 16 April 2003 satu jawatankuasa pemandu dan pasukan nukleus diwujudkan bagi membantu kelicinan pelancarannya. Pada 15 Februari 2005 Akta APMM (Akta 633) mula berkuatkuasa dan APMM memulakan operasi pada 30 October 2005. Bagaimanapun pelancaran rasmi APMM hanya berlangsung pada 21 Mac 2006. Ketua Pengarah APMM yang pertama ialah Laksamana Maritim Datuk Mohammad Bin Nik.